La zona archeologica di Morgantina si estende su un sistema articolato di colline che procedono da Est verso Ovest per una lunghezza di circa tre chilometri; è posizionata nelle vicinanze di un affluente del Simeto, il Gornalunga, e a controllo di un vasto e fertile territorio agricolo. La posizione e la ricchezza del territorio spiegano il ruolo economico e politico avuto dalla città nella sua lunga storia.
Più che di un sito si deve parlare almeno di tre siti come si può vedere dalla pianta generale.
ll sistema collinare della Cittadella fu abitato fin dalle epoche più remote, conserva: tracce del villaggio siculo e acropoli, agorà e necropoli della città greca arcaica; è possibile visitarla, ma ancora non è inserita negli itinerari ufficiali; è raggiungibile, a piedi o con auto fuoristrada, continuando lungo la strada che costeggia l'agorà ellenistica per circa un chilometro. Si consiglia di visitarla con una buona guida.
La zona di San Francesco è un ampio terrazzamento. Oltre alle tracce delle capanne castellucciane, conserva i ruderi di un'ampia zona sacra; il sito è alle spalle della collina est di Serra Orlando; anche questo non rientra negli itinerari ufficiali. Si raggiunge continuando a percorrere la strada che costeggia l'agorà per un centinaio di metri, si svolta a destra all'altezza del rudere della chiesa di San Francesco, che dà il nome alla contrada.
La contrada Serra Orlando è la meta conosciuta da tutti i visitatori, con gli splendidi reperti dell'epoca ellenistica: l'agorà, il teatro, i granai e i quartieri residenziali posti nelle collinette ad est e ad ovest della stessa agorà.
Sparsi nelle campagne circostanti, sono dislocati anche le necropoli, le tracce delle antiche mura, i santuari. Tra questi ultimi ricordiamo quelli dedicati al culto di Demetra e Kore: il Santuario nord, e il Santuario di contrada Drago (entrambi ricoperti dopo lo scavo per difenderli dai tombaroli, da essi proviene gran parte dei reperti esposti al Museo).
Il santuario di Afrodite, in contrada Agnese, lungo la strada per Morgantina.
