L’Inquisizione, questo tremendo istituto, costituito per il perseguimento della haeretica pravitas, fu in realtà, attraverso la feroce repressione delle eresie vere o presunte (e l’incameramento dei beni dei condannati), strumento dell’assolutismo regio, tant’è che gli inquisitori poterono sempre, nei confronti del sovrano, rivendicare il merito di "tener saldo il regno", e insomma di garantire alla monarchia di Spagna l’ordine statale e sociale in una regione "piena di infedeli": giudei, maomettani, luterani e in genere seguaci di correnti religiose eterodosse.
I pericoli, in verità, erano assai minori di quelli prospettati, né è da credersi a una Sicilia infestata da fermenti ereticali, come l’abbondanza dei giudizi e il gran numero di roghi accesi a consumare atrocemente i destini delle infelici vittime vorrebbero farci credere; valga al riguardo la testimonianza del letterato Argisto Giuffredi, che, scrivendo verso il 1585 gli "Avvenimenti cristiani" ai suoi figli, osservava che "bastava poco per essere accusati di eresia".

Bastava poco per l’accusa e poco passava fra l’accusa e la condanna, ché, nel fanatico zelo dei giudici, nella sommarietà e nella violenza delle procedure, esperite senza rispetto dei diritti della difesa e al di fuori da ogni garanzia canonica, al disgraziato non era dato scampo una volta finito nel torchio del S. Uffizio: perciò ripetutamente il Parlamento ebbe a reclamare presso il sovrano contro gli abusi dell’Inquisizione, e sempre da Madrid le richieste vennero eluse e anzi i privilegi del tribunale accresciuti; non riuscirono nemmeno i viceré, del resto, a contrastare le esorbitanze degli inquisitori, coi quali più volte vennero a contese di giurisdizione e persino alle mani, ché in fondo quell’Inquisizione ben pasciuta, colma di "familiari laici", consultori e delatori, ben faceva il giuoco della Corona, alla quale assicurava il controllo politico del viceré e della burocrazia. Questo istituto era divenuto nel tempo fonte di prestigio e di notevoli vantaggi. Chiunque infatti avesse il diritto di portare il distintivo con la croce e i gigli dell’inquisizione era esente da tasse, non poteva essere giudicato dai tribunali ordinari ed era autorizzato a portare con sé armi. Inoltre, poiché i beni degli inquisiti venivano confiscati (e un decimo del loro valore diventava proprietà del delatore), il miraggio di facili guadagni induceva a ingiuste accuse. Certamente le torture e i roghi a S. Erasmo non sempre erano giustificati dalla difesa della religione, e il cerimoniale che li accompagnava rimane una vergognosa pagina di inciviltà nella storia. E viene spontanea la domanda: quante persone, dal 1487 al 1782, si trovarono, in Sicilia, ad avere dolorosamente a che fare con l’Inquisizione? Sappiamo per certo che almeno duecentotrentaquattro furono i rilasciati al braccio secolare per la suprema pena del rogo. Ma quanti sono stati gli inquisiti, i condannati a pene minori? E quanti tra loro i poeti, i filosofi, gli artisti?
Nel mese di luglio del 1780 il re Ferdinando III nominò viceré di Sicilia il marchese di Villamaina, Domenico Caracciolo, Ambasciatore a Parigi, che giunse a Palermo il 14 ottobre 1781, iniziando per l’isola le riforme che lo resero famoso, e prima fra tutte la soppressione del famigerato Tribunale dell’Inquisizione; ed il popolo esultò facendo pubbliche feste, mentre l’aristocrazia protestava, per fortuna inutilmente, presso il re di Spagna. Nelle carceri del palazzo Steri, dove erano le sinistre prigioni del S. Uffizio, erano ancora rinchiuse tre vecchie condannate per stregoneria. L’anno successivo, per ordine dell’ultimo inquisitore, tutti i documenti del Tribunale vennero bruciati. Le fiamme durarono un giorno e una notte e di tutta la secolare attività non restò traccia per la storia, tranne che in quelle carte della "Inquisición de Palermo o Sicilia", che si conservano nell’Archivio Nazionale di Madrid, dove ci si auspica che qualche storico si decida a studiarle, fornendoci un rapporto più completo di un pietoso dramma umano.
Così, per circa tre secoli, dalla sua istituzione nel 1487 alla definitiva eliminazione, avvenuta il 27 marzo1782, la Sicilia si pianse il S. Uffizio, con corale approvazione e partecipazione di quasi tutta la classe dei nobili, non escluso il marchese di Villabianca.

Si cominciò in sordina, nello stesso anno 1487, con un delegato senza stabile dimora, il domenicano Antonio La Pegna, il quale fu così zelante che ad agosto aveva già acceso il primo rogo: toccò ad Eulalia Tamarit di Saragozza, colpevole di essere ebrea. Fino al 1513, quando il Tribunale divenne permanente, utilizzando come carceri segrete per rinchiudervi i penitenziati alcune stanze del fabbricato che il S. Uffizio, nel primo Seicento, aggiunse allo Hosterium dei Chiaramonte (palazzo "Steri", divenuto sede del Tribunale dell’Inquisizione nel 1601, fino alla sua soppressione nel 1782) vennero condannati altri 27 poveri infelici; poi, nell’anno della stabilizzazione dell’organo, quasi a celebrare l’evento, d’un colpo solo i roghi furono 35, e non tutti di vivi, poiché tanto era il furore della vendetta che fra le fiamme platealmente furono spediti persino i cadaveri di coloro che avevano fatto la scortesia, nel frattempo, di morire: furono disseppelliti e arsi a pubblico esempio. La serie dei sacrifici umani finisce nel 1732 con il curiale Antonio Canzoneri da Ciminna. Questi, avendo abiurato, viene esonerato dalla condanna a morte, dall’essere arso vivo, ma destinato a vita alle carceri del Sant’Uffizio. Di conseguenza, il reo confesso, nella notte del 1° ottobre 1731, comincerà "a vomitare ingiurie e insolenze e bestemmie contro Dio e i Santi e a professare eresie". "Meglio morire che vivere tutta la vita in quel carcere" – gli fa dire Luigi Natoli – "in quel carcere, del resto, oscuro come una tomba". Lì dove Giuseppe Pitrè troverà scritto (non importa da chi): "Nun ci nd’è no scuntenti comu mia: mortu, e no pozzu la vita finiri".